新版電子發票提供了更多元的整合與開立電子發票方法，但也可能因為不同作業情境讓一些營業人造成電子發票開立後延遲上傳的發生。
延遲上傳是用上傳日期-開立發票日期計算 非營業人發票 >2日 營業日發票 > 7日 就屬於延遲上傳。(目前延遲上傳屬於輔導改善項目無關罰則，但需要填寫原因與改善方法)
原因有:
傳入發票格式錯誤(統編、抬頭、稅別..)、發票日期延遲，暫停上傳忘記、Turnkey停止、網路中斷等…。
系統也有檢測漏傳跳號的功能，但因為家數較多每天也有新增，可能系統自動檢查發現時可能會已經延遲。
建議營業人也一併自我檢查，如有異常即可通知你的服務窗口
e首發票提供線上檢核電子發票是否上傳失敗的檢查表如下，請營業人導入開立後務必檢查避免資料或系統造成傳入失敗有延遲上傳發生。
可以請營業人每日開立電子發票前進入該程式，檢查前一天所開立C類(非營業人)的發票、與前兩天開立的B類(營業人)發票是否已經完成上傳。
如下圖:
例: 今日是 3/10 ，3/9開立的C類發票則應上傳完成B類則會等滿兩日上傳。 3/8 前的所有開立發票則應全部上傳完畢。