電子發票實施作業要點 中有關保存的規定如下:
六、營業人電子發票之開立、作廢、進貨退出、進貨折讓、銷貨退回或銷 貨折讓，應經交易相對人確認，並應留存該確認訊息與退貨及折讓之 相關證明文件，且至少保留五年。
七、營業人應將電子發票儲存於媒體檔案，並依稅捐稽徵法及稅捐稽徵機 關管理營利事業會計帳簿憑證辦法有關規定保存。
八、基於稅務調查之需要，營業人或加值服務中心應配合稅捐稽徵機關對 電子發票之查核，並免費提供營業人或買賣雙方交易之媒體檔案予稅 捐稽徵機關。 營業人或加值服務中心已將營業人開立或利用加值服務中心電子發票 系統開立之所有電子發票即時交換或上傳予整合服務平台者，除稅務 調查過程有比對營業人或加值服務中心交換或上傳之電子發票相關資 料之必要外，得免予提供前項之媒體檔案。參、營業人與營業人或機關團體交易使用電子發票。
e 首發票 協助 營業人於48小時內將發票開立後上傳到到整合服務平台，已經符合第八條的規定。得免予提供前項之媒體檔案。因為整合服務平台已經有上傳的電子發票媒體檔內容。
e首發票也提供會員載具與查詢介面，提供給營業人查詢已開立之電子發票內容與下載媒體檔。有效節省保存與查詢的時間與空間。唯營業人須自行保存該發票內容的交易合約、訂單、出貨等相關證明文件以佐證該筆發票的有效性。
e首發票查詢與轉出銷項發票 申報媒體檔畫面。