境外電商營業人自106年5月起陸續於我國辦理稅籍登記及報繳營業稅，財政部也發布函令，境外電商營業人至今年12月31日，得免開統一發票，但須報繳營業稅。不過明年起將進入輔導期，境外電商營業人同樣需依照統一發票使用辦法開立雲端發票。
財政部發布「統一發票使用辦法」新函令，首先境外電商營業人應於明年起開立雲端發票，並由國稅局輔導；第二則是刪除營業人須於發票備註欄載明簽帳卡號末4碼規定，並且放寬境外電商營業人開立雲端發票應記載事項，今（18）日起生效；第三則是賦予使用電子發票營業人得以電子方式開立、傳輸或接收銷貨退回、進貨退出或折讓證明單法據，及定明境外電商營業人應以電子方式辦理，同樣為今日生效。
目前外國之事業、機關、團體、組織在我國境內無固定營業場所，銷售電子勞務予境內自然人者（即為境外電商營業人）都須在我國辦理稅籍登記，包括各大跨國訂房網或拍賣網等。
境外電商雖然今年12月31日前都能免開統一發票，但明年起都得由國稅局輔導加入開立發票的5％營業稅行列，而境外電商輔導期間仍免依加值型及非加值型營業稅法第48條、第52條及稅捐稽徵法第44條規定處罰。
財政部進一步表示，考量到跨境電商的營運活動均在雲端，為提高其依從度及落實全面無紙化作業，因此規劃輔導境外電商營業人開立雲端發票，並由該電商提供消費者會員載具以對獎。
跨境電商自去年5月以來，在台繳稅情況相當順利，去年5、6月該期的稅收就高達4.22億元，幾乎是財政部預計每年9億元的半數目標，官員也表示：「今年以來跨境電商繳稅如實申報，還算順利。」
外界則好奇，財政部對於跨境電商是否會仿照財政部行動支付的小規模營業人，提出適用1％的優惠營業稅率？對此官員回應，目前財部暫無此計畫，因為台灣的營業稅率僅5％，相比新加坡的7％、日本的8％、韓國的10％，「境外電商在台營業本來就較為優惠。」